Nazwa Lipnik pochodzi prawdopodobnie od tego, że w przeszłości wieś otaczały w przeważającej części lasy lipowe, niektórzy wspominają również o gaju lipowym. Wieś w dawnych czasach położona była po jednej stronie drogi od południa, a po wykarczowaniu lasów po drugiej. Z biegiem czasu wieś zaczęła rozbudowywać się w kierunku Zalesic.

Pierwsza udokumentowana wzmianka o wsi Lipnik pochodzi z kroniki J. Długosza, Liber beneficiorum, dioecesis Cracoviensis, (t. II, s. 215) - gdzie Lipnik,  którego właścicielem był Gorzkowski należał do parafii i kościoła w Żurawiu i wraz z 13 - wioskami, wchodzącymi w skład tej parafii, płacił dziesięcinę prepozytowi klasztoru we Mstowie i czynsz oszacowany przez niego na 12 marek. Od tej pierwszej wzmianki aż do chwili obecnej wieś Lipnik należy do parafii pod wezwaniem św. Bartłomieja Apostoła w Żurawiu.
Po trzecim rozbiorze Polski tereny południowo zachodnie powiatu lelowskiego w obrębie, których leżała wieś Lipnik włączone zostały do pruskiej prowincji „Nowy Śląsk”. Od 1807 r. wieś Lipnik leżała w granicach Księstwa Warszawskiego.
Na kongresie wiedeńskim układem z dn. 03.05.1815 r. zapowiedziano utworzenie Królestwa Polskiego ściśle podporządkowanego carskiej Rosji. Ustrój administracyjny Królestwa Polskiego określił dekret z dn. 16.01.1816 r., który wprowadził trójstopniowy podział kraju na: województwa, obwody i powiaty. Wieś Lipnik znalazła się woj. krakowskim, obwodzie olkuskim, powiecie lelowskim z siedzibą władz powiatowych w Żarkach
W latach 1838 - 1945 wieś Lipnik należała do gminy Potok Złoty. W latach 1839 - 1850 - właścicielem Lipnika był Feliks Skarżyński, a jego plenipotentem Cyprian Pintowski. W tym okresie wójtem gminy Potok Złoty i burmistrzem miasta Janowa był Bronicki (ApŻ).
Ukazem carskim z dn. 01.01.1845 r. w miejsce dotychczasowych 8 guberni utworzono 5 nowych guberni. Gmina Potok Złoty i leżące na jej terenie wsie Żuraw i Lipnik znalazły się w powiecie olkuskim guberni radomskiej. Od roku 1851 kolejnymi właścicielami Lipnika byli właściciele Potoka Złotego (Krasińscy, Raczyńscy).
Po upadku powstania styczniowego ukaz cara Aleksandra II z dn. 31.12.1866 r. wprowadzał nowe zmiany. W miejsce 5 dotychczasowych guberni utworzono l0 guberni i nowe powiaty.  Po tej zmianie wieś Lipnik znalazła się w guberni piotrkowskiej. W skład zorganizowanego w latach 1867 - 1868 powiatu częstochowskiego weszła gmina Potok Złoty i oczywiście wieś Lipnik leżąca w tej gminie. Tak było aż do wybuchu I wojny światowej do jesieni 1914.
Po wybuchu I wojny światowej już w końcu 1914 r. powstała przebiegająca przez tereny sołectwa Lipnik linia demarkacyjna, rozgraniczająca strefy okupacyjne: niemiecką i austro-węgierską. W tej części ziem, w których leżał Lipnik, okupanci zorganizowali generał-gubernatorstwo warszawskie. Ustabilizowany w 1915 r. układ administracyjny czasów wojny przetrwał do końca okupacji państw centralnych tj. do jesieni 1918 r. W 1914 r. na początku działań wojennych I wojny światowej wieś została prawie całkowicie spalona, pozostał tylko l dom (pana Stachurskiego) murowany z kamienia. W ocalałym domu, hr. Raczyński chciał utworzyć osadę leśną, ludność Lipnika przesiedlić na swoje grunty za Zagórze, a teren po spaleniu zalesić. Mieszkańcy nie wyrazili na to zgody i wieś została odbudowana na swoim prastarym miejscu. Każda rodzina dostała od hr. Raczyńskiego przydział drzewa na odbudowę gospodarstw. W 1914 r. wieś Lipnik płaciła składkę na stróża nocnego przy kościele parafialnym w Żurawiu- 2 ruble i 70 kopiejek (APŻ).
W 1918 r. Polska odzyskała niepodległość, a w sierpniu 1919 r. na ziemiach byłej Kongresówki utworzono 5 województw. W końcu 1919 r. pracowało już starostwo powiatowe częstochowskie. W skład powiatu częstochowskiego weszła gmina wiejska Potok Złoty, do której przynależał Lipnik. Powiat częstochowski znalazł się w woj. kieleckim i taki stan trwał do 1939 r.
„Ustawa o terenowych organach władzy państwowej” z dn. 20.03.1950 r. i idąca w ślad za nią ustawa z dn. 08.06.1950 r. wytyczyła granicę 17 nowych województw. Powiat częstochowski przeniesiony został z woj. kieleckiego do woj. katowickiego.  W 1952 r. po przyłączeniu powiatu częstochowskiego do woj. katowickiego powstała gmina w Żurawiu w skład, której wchodziły gromady: Żuraw, Kobyłczyce, Zagórze, Bukowno, Czepurka, Lusławice, Okraglik i Lipnik. Działalność swą nasza gmina rozpoczęła l lipca 1952 r. i trwała ona do 05.12.1954 r. Od 05.12.1954 r. do l lipca 1968r. w Żurawiu działała Gromadzka Rada Narodowa (APŻ). Po likwidacji GRN w Żurawiu przyporządkowano do GRN w Mokrzeszy i taki stan trwał do 1975 r.
Od dn. 01.06.1975 r. wprowadzono dwustopniowy podział administracji państwa (obowiązujący do dn. 31.12.1998 r.), znoszący powiaty. Wieś Lipnik od dn. 01.06.1975 r. do dn. 31.12.1998 r. leżała w gminie Janów, woj. Częstochowskim. Od 1.01.1999 wprowadzono trójstopniowy podział administracyjny państwa. Wieś Lipnik należy obecnie do gminy Janów, powiatu częstochowskiego, województwa śląskiego.